Замонавий юқори ишлаб чиқарувчанликка эга хорижий асбоб-ускуналар ва техникалар, технологик линиялар ва модуллар, инновация технологияларини татбиқ этиш ҳисобига юқори технологик, дунё бозорларида рақобатбардош маҳсулотларнинг кенг доирали турларини ишлаб чиқариш «Навоий» эркин иқтисодий-саноат зонаси (ЭИСЗ) хўжалик юритувчи субъектлари фаолиятининг асосий йўналиши қилиб белгиланган. 

«Навоий» эркин иқтисодий-саноат зонаси (ЭИСЗ)ни ташкил қилиш концепциясидан ва танланган устуворликлардан келиб чиққан ҳолда, «Навоий» эркин иқтисодий-саноат зонаси (ЭИСЗ)да қуйидаги тармоқлар ва йўналишлардаги корхоналар жойлаштирилади: 

• телекоммуникация асбоб-ускуналарини ишлаб чиқариш;
• дори-дармон маҳсулотлари ва тиббий жиҳозларни ишлаб чиқариш;
• пластик ва полимер буюмларни ишлаб чиқариш.